副本系统是玩家获取资源的核心途径，分为主线副本、精英副本和活动副本三大类。主线副本以剧情推进为主，通关后可解锁扫荡功能，是验证基础阵容完整性的关键；精英副本难度较高，敌方属性增幅约30%，但掉落高品质装备突破材料，每日限次挑战需合理规划体力；活动副本则周期性开放，如黄巾之乱的波次生存战或赤壁鏖兵的火焰地形机制，需针对性调整战术。需注意所有副本均存在战力压制设定，当敌方平均战力超过己方15%时，将触发伤害减免效果，建议通过装备精炼、将星系统缩小战力差。
副本探索过程中隐藏点与彩蛋是重要资源来源。部分章节地图中隐藏点需通过线索事件或特定交互触发，例如第二章隐藏点位于地图左上角石碑处，第五章隐藏点在水中亭子，第十章需根据神秘人线索寻找巨狼。隐藏地图内含宝箱、摇钱树等奖励，击败守护者即可获取。副本完美通关需完成所有拾取点和事件触发，通关后可通过探索进度查漏补缺。留言板功能提供隐藏点提示，如营帐或陵墓等场景的进入方式。
通用阵容推荐前排典韦（反伤）或赵云（闪避），中排周瑜（群体灼烧）和诸葛亮（控场）。高爆发副本如虎牢关吕布可采用双治疗体系（蔡文姬+华佗）搭配夏侯惇嘲讽；限时挑战副本则需全爆发输出（马超、吕布）。五行克制机制（火→风→地→水→火）可提升120%伤害效率，例如用水属性武将克制火属性华雄。地形交互如长坂坡的滚木落石提示，拖动武将至安全区可规避50%范围伤害。
每日体力建议按活动副本→精英副本→主线副本顺序消耗，紫色品质以下装备无需精炼超过+5，金色装备优先强化武器和鞋子。主力输出武将（如吕布、赵云）应优先突破至三星解锁核心技能，辅助类武将（如小乔、刘备）二星即可满足功能需求。魔魂塔、攻城略地等玩法解锁后（如第十六章魔塔出世、第十八章夜探长安）需重点投入资源，军团捐献和随机商人也是元宝消耗的高性价比选择。
副本机制深度优化需关注怒气值与技能打断。武将怒气值上限为1000点，通过普通攻击、受伤害或释放技能积累，满怒可手动释放必杀技。针对BOSS技能前摇（如张角举杖、董卓蓄力），可用郭嘉冰冻、张辽突进等控制技能形成打断循环。青囊秘要（每回合恢复150%兵力）等特殊技能可通过拆解特定武将获取，如汉刘备步、蜀糜夫人弓等。战报功能可分析魏蜀吴群雄五类通关阵容，帮助优化战术组合。
