控制型阵容的核心在于通过技能打断、定身、麻痹等效果限制敌方行动，同时保证自身输出和生存能力。这类阵容通常需要搭配具备群体控制技能的忍者，如宇智波鼬的月读全屏控制、迪达拉的黏土炸弹追踪打断、蝎的铁矿砂范围硬控等，形成完整的控制链。控制流阵容的优势在于能有效化解敌方高爆发威胁，特别适合应对修罗级副本中的强力BOSS。
雷主控制阵容是当前版本中评分较高的选择，其核心机制是利用雷遁·雷凯的加速效果配合高连击忍者快速触发追打控制。典型搭配包括雷主+达鲁伊+三船+阿凯的组合，通过雷凯加成下的多段普攻触发达鲁伊的麻痹追打，同时三船的奥义可定点压制关键目标。这类阵容在飞段来袭等副本中表现突出，能稳定达成4500分满分评价，但需注意雷影等高攻敌人的爆发回合需提前用奥义打断。
风主刷新流派则是另一种高效控制方案，依托风遁·旋风波的冷却重置特性实现双奥义连发。常用阵容如风主+勘九郎+手鞠+我爱罗，通过勘九郎傀儡的群体打断和手鞠的目盲效果形成压制，配合风主刷新可在一回合内释放两次关键控制技能。该阵容对操作时机要求较高，需在敌方释放奥义前精确打断，但若能掌握节奏可轻松应对五尾降临等护盾型副本。
水主毒火控制体系擅长持久战，通过照美冥的沸遁结界和鬼鲛的吸蓝效果逐步瓦解敌人。核心组合通常包含水主+半藏+团藏+小樱，利用半藏的毒火持续伤害和团藏的伊邪那岐保命，在消耗战中占据优势。这类阵容在长门降临等副本中表现稳健，虽然回合数评分稍逊于爆发流，但生存能力极强，适合战力较低的玩家稳步推进。
雷主适合追求高分的速通玩家，风主更考验操作但上限极高，水主则偏向稳健推进。无论采用哪种方案，核心思路都是通过技能衔接形成控制闭环，同时合理分配查克拉和奥义时机，才能在强者降临活动中游刃有余。
